明代刊印琴谱之风很盛，传承至今的明谱为数甚众。其中影响较大的有《神奇秘谱》、《太音大全集》、《西麓堂琴统》、《梧冈琴谱》、《风宣玄品》、《琴书大全》、《松弦馆琴谱》、《浙音释字琴谱》、《杏庄太音补遗》、《杏庄太音续谱》等。

《神奇秘谱》：编者为宁王朱权，明洪熙乙巳年（1425）成书。为现存最早的琴曲谱集。全书共3卷，上卷《太古神品》收16曲，多为北宋以前的名曲，保留有早期传谱的原始风貌。中、下卷《霞外神品》收34曲。《神奇秘谱》所有琴曲都有解题，为研究古代音乐作品的重要史料。

《西麓堂琴统》：编者汪芝，成书于嘉靖乙酉年（1525）。全书共25卷。前五卷辑录南宋徐理的《琴统》和其他人的论文、杂说，后20卷收录自宋代 的琴曲170曲。其中有《广陵散》的两种版本，以及外调琴曲一百多种等，多为其他谱集所未收。为明代收曲最多而且独具特点的谱集。

《风宣玄品》：朱厚爝辑于嘉靖十八年（1539）。全书共10卷。首卷为指法、调式等文字62则，手势图154幅；文字多取自《太音大全集》。书中收曲达101首，其中32首为琴歌。

《琴书大全》：是中国现存重要的古琴文献之一。全书共22卷。前20卷为文字，有万历十八年（1590）萧大亨序和蒋克谦自序。文字部分包括：收录历代有关琴学的记载，如：声律、琴制、指法、曲调、弹琴圣贤以及有关琴的诗文等681篇。末2卷为琴谱，收录琴曲62首。

《松弦馆琴谱》：虞山派传谱。编者严澂。成书于万历四十二年（1614）。初版22曲，再版陆续增至29曲。书中有编者所撰《琴川谱汇序》，批判了当时在琴曲中滥填文字的风气，在琴界有较大的影响。

《浙音释字琴谱》：南昌龚经编释。成书于1491年前。原书残，现存39曲。每曲逐音配有文字，大多难以演唱。个别为传统琴歌，如八段的《阳关三叠》是现存最早的版本。

《杏庄太音补遗》、《杏庄太音续谱》：编者萧鸾。《杏庄太音补遗》成书于嘉靖三十六年（1557）。全书共3卷，收72曲。编者强调本人是徐门正传，并在每曲前配以相应的“吟”，作为序曲。

《杏庄太音续谱》成书于嘉靖三十九年（1560）。书中包括他游历吴、越所得的传谱和他自己的创作，共38首琴曲。