清代影响较大的琴谱有《大还阁琴谱》、《松风阁琴谱》、《德音堂琴谱》、《诚一堂琴谱》、《五知斋琴谱》、《春草堂琴谱》、《自远堂琴谱》、《琴学入门》、《蕉庵琴谱》、《天闻阁琴谱》、《枯木禅》、《琴学心声》等。

《大还阁琴谱》：又名《青山琴谱》。虞山派徐上瀛传谱。刊于康熙十二年（1673）。所收31首琴曲中，增加了《松弦馆琴谱》不予收录的《雉朝飞》、《乌夜啼》等快速节奏的曲目。

《松风阁琴谱》：程雄辑，2两卷。约成书于1684年。

《德音堂琴谱》：郭裕斋传谱，10卷。康熙三十年(1691)。为原刻本。

《诚一堂琴谱》：六卷，程允基(寓山)清康熙四十四年(1705)刻本。

《五知斋琴谱》：周鲁封根据徐祺传谱编印于康熙六十年（1721）。共8卷。所收33曲多注明出处，指法细致详尽，在旁注中有徐氏加工发展之处及评语，为近代流传很广的琴谱。

《春草堂琴谱》：6卷，苏璟(琴山)辑。清乾隆九年（1744）原刻本，又名《琴学新声》。

《自远堂琴谱》：清广陵派琴家吴灴传谱。共11卷，收93曲，末卷30曲附有歌词。

《琴学入门》：2卷，张鹤撰。收琴曲20首。附工尺谱。其中《阳关三叠》、《渔樵问答》等曲至今仍流行。

《蕉庵琴谱》：清同治七年（1868），广陵派琴家秦维瀚辑，收录32曲。其中的《龙翔操》等曲至今流传。

《天闻阁琴谱》：唐彝铭等辑。16卷。收录琴曲同时还收集了有关古琴美学、律学、上弦法等理论。

《枯木禅琴谱》：释空尘辑。8卷。光绪十九年（1893）刊本。收录32首琴曲。

《琴学心声》：庄臻凤于清康熙五十四年（1715）撰。共收14曲，都是庄氏自己创作或改编的作品。其中8首有歌词，有些歌词是庄氏自制。